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全面兼容丨真邁生物SURFSeq 5000在百邁客百創(chuàng)空間轉錄組學芯片兼容性測試中表現(xiàn)優(yōu)異
時間:
2024-05-14
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空間轉錄組技術,憑借成像、生物標記、測序及生物信息學等工具,精確定位組織切片中的基因表達,已成為研究細胞類型結構、分化狀態(tài)、細胞間互作及疾病發(fā)育機制的關鍵手段。該技術屢獲殊榮,如2023年入選未來十大影響世界技術,2022年榮登Nature七大矚目技術,2020年斬獲Nature Methods年度技術方法。展望未來,空間轉錄組技術無疑將引領科研新潮流。


近日,百邁客生物使用自主開發(fā)的空間轉錄組學產品百創(chuàng)S1000,基于真邁生物SURFSeq 5000高通量基因測序平臺進行兼容性測試。結果顯示在基因組唯一比對率,轉錄本比對率,中位基因數(shù)等各項指標上都表現(xiàn)出色,展現(xiàn)出SURFSeq 5000高通量基因測序平臺與百創(chuàng)S1000空間轉率組芯片的良好兼容性。


【測試方案】
  • 物種信息:小鼠(1例),昆蟲(2例)

  • 測序策略:真邁生物SURFSeq 5000,PE150

  • 分析軟件:BSTMatrix


【測試結果】

(1)測序數(shù)據(jù)質量表現(xiàn)優(yōu)異

全面兼容丨真邁生物 SURFSeq 5000 在百邁克百創(chuàng)空間轉錄組學芯片兼容性測試中表現(xiàn)優(yōu)異

全面兼容丨真邁生物SURFSeq 5000在百邁客百創(chuàng)空間轉錄組學芯片兼容性測試中表現(xiàn)優(yōu)異



(2)空間重要參數(shù)表現(xiàn)出色

全面兼容丨真邁生物 SURFSeq 5000 在百邁克百創(chuàng)空間轉錄組學芯片兼容性測試中表現(xiàn)優(yōu)異

全面兼容丨真邁生物SURFSeq 5000在百邁客百創(chuàng)空間轉錄組學芯片兼容性測試中表現(xiàn)優(yōu)異


測試數(shù)據(jù)顯著表明,SURFSeq 5000測序平臺和百創(chuàng)S1000在空間聚類上展現(xiàn)出良好的性能表現(xiàn)。



(3)空間聚類展現(xiàn)出卓越解析度

全面兼容丨真邁生物 SURFSeq 5000 在百邁克百創(chuàng)空間轉錄組學芯片兼容性測試中表現(xiàn)優(yōu)異

在針對中腦的單細胞級空間聚類分析中,即便在數(shù)據(jù)不飽和的條件下,使用SURFSeq 5000測序平臺進行測序仍然展現(xiàn)出卓越的解析度,這一結果再次驗證了SURFSeq 5000測序平臺和百創(chuàng)S1000兼容性方面的出色性能。


全面兼容丨真邁生物SURFSeq 5000在百邁客百創(chuàng)空間轉錄組學芯片兼容性測試中表現(xiàn)優(yōu)異


【性能進一步釋放】

為了深入驗證百創(chuàng)S1000在更高測序數(shù)據(jù)量上的性能表現(xiàn),研究人員隨機選取了BMK_ST_9(鼠腦)樣本在SURFSeq 5000測序平臺上進行了數(shù)據(jù)加測(Nnumber?of ?Rreads:5,094,460,583)。經過詳盡分析發(fā)現(xiàn),無論在任何分辨率下,這些數(shù)據(jù)均展現(xiàn)出卓越的空間解析能力,進一步確認了SURFSeq 5000測序平臺與百創(chuàng)S1000卓越的兼容性和性能表現(xiàn)。


(1)百創(chuàng)空間多級分辨率結果

全面兼容丨真邁生物 SURFSeq 5000 在百邁克百創(chuàng)空間轉錄組學芯片兼容性測試中表現(xiàn)優(yōu)異

百創(chuàng)S1000基于SURFSeq 5000測序平臺的多級分辨率統(tǒng)計表

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全面兼容丨真邁生物SURFSeq 5000在百邁客百創(chuàng)空間轉錄組學芯片兼容性測試中表現(xiàn)優(yōu)異

百創(chuàng)S1000基于SURFSeq 5000測序平臺的多級分辨率部分聚類圖



(2)“三片合一”實現(xiàn)細胞分割

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基于原片無錯高清H&E+原片無錯熒光+原片高通量測序,“三片合一”對樣本數(shù)據(jù)進行了細胞分割分析,一共切出了68,279個細胞,單細胞級分辨率下中位基因數(shù)高達2,625,中位UMI數(shù)達6,631,全局下聚類得到28類cluster,數(shù)據(jù)表現(xiàn)處于領先水平。


全面兼容丨真邁生物SURFSeq 5000在百邁客百創(chuàng)空間轉錄組學芯片兼容性測試中表現(xiàn)優(yōu)異


全面兼容丨真邁生物SURFSeq 5000在百邁客百創(chuàng)空間轉錄組學芯片兼容性測試中表現(xiàn)優(yōu)異


本次測試展示了真邁生物SURFSeq 5000高通量基因測序平臺與百邁客生物百創(chuàng)S1000空間轉錄組學產品組合應用的優(yōu)秀性能。真邁生物期待與行業(yè)內合作伙伴共同打造基因測序平臺應用生態(tài)聯(lián)盟,充分發(fā)揮和利用各方優(yōu)勢,為廣大用戶提供全流程、最全面的解決方案。


真邁生物SURFSeq 5000

SURFSeq 5000高通量基因測序平臺應用廣泛,速度快,質量優(yōu),成本省。它以桌面儀器成本、小樣本數(shù)量開機成本實現(xiàn)了與大型機器相媲美的高通量測序價格。真邁生物致力于持續(xù)滿足行業(yè)對測序優(yōu)化的需求,與合作伙伴深度合作,為前沿科研探索和精準醫(yī)療提供強有力的支持。


全面兼容丨真邁生物 SURFSeq 5000 在百邁客百創(chuàng)空間轉錄組學芯片兼容性測試中表現(xiàn)優(yōu)異



百創(chuàng)S系列空間轉錄組學產品

創(chuàng)S系列空間轉錄學芯片已正式發(fā)布三款:百創(chuàng)S1000(per spot2.5μm,分辨率4.8μm,區(qū)域6.8mm*6.8mm),百創(chuàng)S2000(per spot2.5μm,分辨率4.8μm,區(qū)域11mm*11mm、15mm*20mm)以及最新的百創(chuàng)S3000(per spot2.5μm,分辨率3.5μm,區(qū)域6.8mm*6.8mm),相較于現(xiàn)在廣受市場認可與好評的百創(chuàng)S1000轉錄組學芯片,百創(chuàng)S3000捕獲位點數(shù)提升近2倍,分辨率同樣提升近2倍,相同的測序飽和度下,單細胞級別分辨率下中位UMI提升了30%~70%,中位基因數(shù)提升30%-60%。并基于此,開發(fā)出了百創(chuàng)自己的專利技術,可以通過完全無錯的原片高清明場圖像 + 與明場圖像完全對齊的原片熒光圖像 + 原片高通量測序,“三片合一”進行精準的細胞分割,為科研工作者提供了前所未有的研究視角。


全面兼容丨真邁生物SURFSeq 5000在百邁客百創(chuàng)空間轉錄組學芯片兼容性測試中表現(xiàn)優(yōu)異

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